Спецоперация по задержанию преступников, причастных к терактам 5 июня, происходила сразу в нескольких районах города. Подразделения были замечены в районах Авиагородка, Юнис-сити и других. Однако основные действия развернулись в районе Москва и старой части города.
Последний рабочий день этой недели выдался неспокойным. Приблизительно с трех часов ночи в двух районах города были слышны звуки сирен полицейских машин и выстрелы. Первые видеокадры появились в сети в 5 утра. Стрельба слышалась и в старой части города, и в районе ул.Арынова на Москве. В 9.00 несколько улиц в квадрате Алтынсарина- Асау-барака- Айтеке-би- Жанкожа-батыра оказались закрыты и для транспорта, и для пешеходов. В ходе проведения спецоперации, которая началась по данным КНБ в 3:45 местного времени, были эвакуированы жители близлежащих домов. Большинство прохожих терялись в догадках о происходящем, но послушно исполняли требования силовиков. Приблизительно к 10 часам утра в районе операции прогремел взрыв, чуть позже с места событий выехали БТР, спецтехника, и автобусы с сотрудниками силовых поздразделений. Однако операция еще продолжилась. Как сообщил ИНТЕРФАКС, со ссылкой на КНБ, в доме по ул. Некрасова была заблокирована группа террористов. На предложение сдаться они ответили стрельбой. В ходе спецоперации четверо преступников были уничтожены. В районе Арынова-Мясоедова к 10:25 оцепление сняли, сотрудники полиции покинули место событий. Полицейский УАЗик, изрешеченный пулями, транспортировали на буксире. Плюс присутствие спецмашин криминалистов, которые к этому времени также покинули место событий. Часть сотрудников завершала какие-то действия во внутреннем дворе здания РИКА-Пласт. Позже в Истаграме появилось фото якобы убитого на Арынова террориста. В 14.37 пресс-служба КНБ сообщила о завершении активной фазы спецоперации, которая продолжалась 7 часов. По ее итогам были уничтожены пятеро предполагаемых террористов. Легкие ранения получили двое сотрудников полиции. Жертв и пострадавших среди мирного населения нет.